Perayaan Hari Natal di sekolah adalah momen yang penuh kegembiraan dan kehangatan, di mana siswa, guru, dan staf sekolah berkumpul untuk merayakan kegembiraan Natal. Suasana sekolah menjadi penuh semangat Natal dengan dekorasi yang indah, seperti pohon Natal, lampu-lampu berwarna, dan ornamen-ornamen kreatif yang dibuat oleh siswa. Selama perayaan Natal di sekolah, seringkali diadakan berbagai kegiatan spesial. Siswa dapat terlibat dalam pertunjukan seni, baik berupa drama atau tarian yang mengangkat tema Natal. Tidak terkecuali SMP BOPKRI 1 Yogyakarta.

SMP BOPKRI 1 Yogyakarta yang mengadakan Natal bersama dengan beberapa SD Negeri di Kota Yogyakarta. Kegiatan yang dilaksanakan hari Kamis, 18 januari 2023 ini dikemas secara sederhana tanpa menghilangkan kekhusyukan Natal itu sendiri. SD yang diundang untuk mengikuti Ibadah Natal Bersama antara lain SD Negeri Widoro, SD Negeri Lempuyangwangi, SD Negeri Lempuyangan 1, SD Negeri Tegalpanggung, SD Negeri Demangan, dan SD Negeri Baciro. Acara yang dilangsungkan di halaman tengah SMP BOPKRI 1 Yogyakarta ini berlangsung sangat meriah meskipun cuaca mendung dan sedikit gerimis. Ibadah yang dipimpin oleh Pdt. Nugraheni Siwi, S.Th. ini berlangsung khitmad dan siswa antusias mengikuti ibadah. Beberapa siswa SMP BOPKRI 1 Yogyakarta juga menghibur seluruh tamu undangan dengan pentas seni yang mereka tampilkan.

Selain itu, dalam acara yang berlangsung dari pukul delapan pagi ini juga menjadi ajang promosi SMP BOPKRI 1 Yogyakarta yang pada tahun ajaran 2024/2025 akan menjadi sekolah tiga bahasa dengan bahasa pengantar Bahasa Indonesia, Bahasa Jawa, Bahasa Inggris, dan ditambah dengan Bahasa Jepang.